研究目的
为确定硅藻Corethron hystrix针对不同强度特定电磁能的紫外线暴露所具有的代谢、防护及修复机制。
研究成果
紫外线辐射导致线形海链藻的光合效率线性下降及光合基因的协同下调，氧化损伤限制了新复合体的产生。这种硅藻通过包括转录下调在内的?；せ评醇跚峤徊剿鹕??；指垂淘诤诎灯谄舳?，但短期内可能无法实现完全的光合功能恢复。
研究不足
该研究仅限于体外条件和特定硅藻物种；结果可能无法完全代表自然环境。紫外线辐射发射器阵列的衰减以及转录组学中仅关注单一紫外强度，可能无法全面反映紫外线损伤与修复的所有方面。所使用的荧光弛豫快速测量仪（FRRF）无法进行光系统I（PSI）测量。
1：实验设计与方法选择：
开发了一种新型紧耦合、波长可调的紫外辐射（UVR）发射器阵列，用于精确的体外照射。采用快速重复率荧光法（FRRF）监测光合参数，并通过RNA测序进行转录组分析。
2：样本选择与数据来源：
在L1培养基和过滤海水中培养的Corethron hystrix CCMP 308藻株。于对数生长期中期采集样本用于RNA提取与分析。
3：实验设备与材料清单：
UVR发射器阵列（NEST阵列）、FRRF仪器、Illumina HiSeq测序仪、Ambion ToTALLY RNA试剂盒、Sedgewick计数室、10 AU荧光仪、白光LED、石英玻璃容器。
4：实验流程与操作步骤：
藻株接受0.32至1.59 mW/cm2强度的UVR照射6小时，随后黑暗恢复6小时。每小时或每两小时测定光合动力学参数；照射后及恢复期提取RNA进行测序。
5：32至59 mW/cm2强度的UVR照射6小时，随后黑暗恢复6小时。每小时或每两小时测定光合动力学参数；照射后及恢复期提取RNA进行测序。 数据分析方法：
5. 数据分析方法：使用R和ggplot2处理动力学数据；RNA-seq数据通过Fastqc、Trimmomatic、Velvet、Oases、Bowtie2、eXpress、DESeq2进行差异表达分析，并采用Hhblits进行同源映射。
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获取完整内容-
FRRF
Soliense, Inc
Measure photosynthetic parameters such as Fv/Fm, sigma, and tau turnover times.
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UVR emitter array
NEST array
Lumenautix Inc.
Produce precise and repeatable in vitro irradiation with UV and visible light.
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Fluorometer
10 AU
Turner Designs
Measure chlorophyll fluorescence to calculate concentrations.
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RNA extraction kit
ToTALLY RNA kit
Ambion, Life Technologies
Extract total RNA from cell samples.
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Sequencer
Illumina HiSeq
Illumina
Perform RNA sequencing to generate transcriptomic data.
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LEDs
Provide illumination for cell growth and UV irradiation.
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