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福尔马林固定石蜡包埋样本中肽类物质的MALDI-MSI技术：位点间重现性与空间分辨率
摘要： 目的 为推动基质辅助激光解吸电离质谱成像（MALDI-MSI）从基础研究向临床应用过渡，需对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织进行分析。本研究旨在优化FFPE样本的MALDI-MSI原位胰蛋白酶消化流程，并验证不同取样部位能否获得可重复的相似结果。 实验设计 对小鼠肠道、人卵巢畸胎瘤及来自三个不同部位的肿瘤实体组织微阵列等FFPE组织进行MALDI-MSI制备。采用自动化喷雾装置将胰蛋白酶包被于样本表面，通过潮解作用维持稳定湿润环境进行孵育。消化后使用相同喷雾设备喷涂α-氰基-4-羟基肉桂酸（CHCA），并在50μm空间分辨率下通过rapifleX MALDI Tissuetyper质谱仪分析。数据采用flexImaging、SCiLS和R软件处理。 结果 胰蛋白酶应用与消化过程是导致FFPE样本MALDI-MSI空间分辨率下降及变异的主要因素。通过本工作流程可区分不同组织中的离散组织学特征，且经空间分割与主成分分析评估，不同取样部位生成的图像质量具有相似性。 结论与临床意义 遵循标准化MALDI-MSI工作流程可保持空间分辨率及跨部位重现性。
关键词： 可重复性、组织分型、基质辅助激光解吸电离、工作流程、福尔马林固定石蜡包埋组织
更新于2025-09-23 15:21:21
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激光扫描共聚焦显微镜用于验证福尔马林固定石蜡包埋组织中是否存在类鼻疽伯克霍尔德菌或鼻疽伯克霍尔德菌
摘要： 假单胞菌和马鼻疽杆菌是分别导致类鼻疽和鼻疽的革兰氏阴性兼性胞内菌。目前这两种疾病尚无疫苗。现已建立动物模型用于评估疫苗和治疗方法，但感染动物组织在分析前必须经福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）处理。明场显微镜下可见感染组织中呈现病原体外多糖的褐色染色物质，但无法观察到实际微生物?；谡庑┓⑾?，研究人员尝试通过激光扫描共聚焦显微镜（LSCM）观察FFPE组织中的微生物。采用LSCM检测了十只小鼠及五只非人灵长类动物暴露于假单胞菌或马鼻疽杆菌后的存档FFPE组织，另检测了一例疑似接触马鼻疽杆菌的人类脾脏活检历史样本。在小鼠多数感染组织中观察到假单胞菌，五只非人灵长类动物中有四只呈病原体阳性。人类样本中，在脾脏活检的化脓性肉芽肿内发现了马鼻疽杆菌。由此证实LSCM能在小鼠、非人灵长类及人类的FFPE组织中检测到病原体存在。
关键词： 类鼻疽、假鼻疽伯克霍尔德菌、马鼻疽伯克霍尔德菌、动物模型、微生物、福尔马林固定石蜡包埋组织、激光扫描共聚焦显微镜、马鼻疽
更新于2025-09-23 15:21:01
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利用激光捕获显微切割技术对福尔马林固定石蜡包埋人黑质组织进行蛋白质组定量分析
摘要： 激光捕获显微切割技术（LCM）能够从异质性组织标本中可视化并分离出形态学上不同的细胞亚群。结合甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织，该技术为健康与疾病状态下组织蛋白质的回顾性及临床相关研究提供了有力工具。我们首先优化了FFPE组织标本高效LCM分析的实验方案，采用含SDS的提取缓冲液配合单罐固相增强样本制备（SP3）消化法，在蛋白质得率及肽段鉴定数量上获得了最佳结果。随后通过串联质谱标签（TMT）标记和液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术，对显微切割的人脑黑质组织样本（约3000个细胞）进行分析，成功定量了超过5600个蛋白质组。通过对黑质蛋白质按丰度分类分析，发现高丰度蛋白质中富含细胞外囊泡和神经元特异性基因本体（GO）条目。采用无标记鸟枪法比较显微切割样本与完整组织切片时，发现酪氨酸羟化酶、α-突触核蛋白等神经元标志物以及具有神经元特异性GO注释的蛋白质呈现富集。本研究完整建立了基于FFPE组织的激光捕获蛋白质组学技术流程，证实了低样本量条件下通过LCM分离特定细胞亚群进行蛋白质组分析的高效性。
关键词： TMT标记、液相色谱-串联质谱、蛋白质组学、黑质、福尔马林固定石蜡包埋组织、激光捕获显微切割
更新于2025-09-19 17:13:59
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基质辅助激光解吸/电离质谱成像技术（MALDI MSI）用于监测原代癌症球体中的药物反应
摘要： 基质辅助激光解吸电离质谱成像技术（MALDI MSI）用于监测原代癌症球体对药物的反应。恶性腹水是积聚在腹腔中的液体，其中含有以单细胞或多细胞团簇（称为球体）形式存在的癌细胞。卵巢癌、宫颈癌、胃癌、结直肠癌、胰腺癌、子宫内膜癌或原发性肝癌患者中均观察到恶性腹水。这些球体被认为在癌症的化疗耐药性和转移中起主要作用。为减轻患者不适，通常通过称为穿刺术的程序从腹部排出恶性腹水（MA）。通过这种微创手术获取的MA是癌症球体的重要来源，可用于测试化疗药物及药物组合。本文中，现有工作流程经过调整，使得使用原代球体或无支架基质培养的球体能够同步监测药物积累、药物反应和药物代谢物。为此，在用甲醛固定之前，将这些球体嵌入基质胶中。这使得样品能够在室温下进行处理、储存和运输。这种新方法可能用于为每位患者选择最佳靶向治疗，从而促进个性化医疗。
关键词： 癌症球体、福尔马林固定石蜡包埋组织、基质辅助激光解吸电离质谱成像
更新于2025-09-19 17:13:59
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蛋清作为基质辅助激光解吸/电离质谱成像（MALDI-MSI）中的质量控制手段。
摘要： 基质辅助激光解吸电离质谱成像（MALDI-MSI）的优势在于能够对完整组织中的分子特征进行空间强度分析与可视化。这些强度分布既可在单张组织切片内呈现，也可比较连续获取的多张切片间的差异。该方法能可靠揭示生理结构，并有望识别与生物结果相关的分子细节。MALDI-MSI在临床实验室的应用需确保方法质量与验证符合诊断要求。为获得一致的定性与定量结果，标准化样本制备与数据采集至关重要。我们先前已证明，在样本制备过程中向组织切片沉积内标物可提升全样本监测m/z特征的质荷比准确性。本文重点介绍采用外控与内控进行样本制备及数据采集的质量核查——当单次MALDI-MSI实验获取大量光谱或合并处理独立实验数据时尤为重要。通过使用蛋清作为肽段和N-糖链MALDI-MSI的全程外控标准来监控检测器性能与样本制备质量，同时筛选出妇科组织样本中可稳定监测的内源性细胞骨架蛋白肽段。最后，我们总结了专为单张切片和组织微阵列（TMAs）生成可靠可比MALDI-MSI数据的标准质量控制流程。
关键词： 蛋清，基质辅助激光解吸电离质谱成像，质量控制，N-糖链，肽段，组织微阵列，福尔马林固定石蜡包埋组织
更新于2025-09-11 14:15:04
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利用激光捕获显微切割和Smart-3SEQ技术对存档组织单细胞进行基因表达谱分析
摘要： RNA测序（RNA-seq）是量化基因表达的灵敏且精确的方法。小样本或RNA降解的样本（如福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织）使用非专业RNA-seq方案研究仍具挑战性。我们在此提出一种新方法Smart-3SEQ，该方法即使使用微量总RNA也能准确量化转录本丰度，并能有效表征通过激光捕获显微切割（LCM）从FFPE组织中提取的小样本。我们还从以往RNA-seq方案无法研究的FFPE单细胞中获取了独特的生物学特征，并利用这些数据鉴定出可能与肿瘤微环境相关的新巨噬细胞表型。我们认为Smart-3SEQ是一种极具成本效益的方法，可开展不受样本量和组织可用性限制的大规?；虮泶锲追治鍪笛椤Ｌ乇鹗?，Smart-3SEQ与FFPE组织的兼容性释放了大量存档临床样本的潜力；结合LCM技术，它能实现对原位环境下分离的小细胞群和单细胞前所未有的研究。
关键词： 激光捕获显微切割、单细胞基因表达、RNA测序、肿瘤微环境、福尔马林固定石蜡包埋组织、Smart-3SEQ
更新于2025-09-11 14:15:04