研究目的
为了验证一种改良的紫外线交联方法——该方法使用末端标记红外染料IRDyeVR 800的寡核苷酸探针来研究RNA-蛋白质相互作用，从而规避与放射性同位素相关的安全问题。
研究成果
该研究成功验证了末端标记荧光探针用于紫外交联技术的可行性，为研究RNA-蛋白质相互作用提供了一种更安全、更简化的方法。该方法尤其适用于分析这些相互作用在疾病中的作用。
研究不足
该方法的灵敏度可能受所用IRDyeVR染料光稳定性的限制，且操作时需谨慎以避免光漂白。
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一种结合红外成像的紫外交联方法用于分析RNA-蛋白质相互作用
DOI：10.1093/biomethods/bpx009
期刊：Biology Methods and Protocols
出版年份：2017
更新时间：2025-09-23 15:19:57
摘要：
蛋白质与短RNA寡聚体的光交联是研究RNA-蛋白质相互作用的经典方法，这些相互作用涉及RNA代谢和功能的多个方面。最常用的方法是采用[γ-32P]标记的RNA探针。尽管灵敏度极高，但这些操作因放射性同位素的使用存在安全隐患而变得复杂。本文描述了一种改良的紫外光交联方法，使用末端标记红外染料IRDye? 800的寡核苷酸探针。紫外光交联后，通过SDS-PAGE分离蛋白质，并利用Odyssey?红外成像系统检测交联产物。这种末端标记法简化了随机标记流程（后者会降低体外转录效率），且不受探针长度影响，便于进行定量比较。为验证该方法，我们确认了HuD蛋白与微管相关蛋白tau mRNA的3'非翻译区结合（该蛋白与阿尔茨海默病发病机制相关）。分别使用重组纯化的谷胱甘肽-S-转移酶-HuD融合蛋白及转染HuD cDNA的CHO细胞裂解物，成功实现了HuD与标记21聚体探针的紫外光交联。紫外光交联结合红外成像技术，为分析RNA-蛋白质相互作用及其在疾病中的新兴重要性提供了便捷可靠的策略。
作者：
Tony Malmqvist，Carl Spickett，Jean-Marc Gallo，Karen Anthony
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