研究目的
计算竞争性内源RNA(ceRNAs)的全局三重网络,以确定与糖尿病视网膜病变(DR)相关的关键分子。
研究成果
该研究重点关注了与糖尿病视网膜病变(DR)发病机制相关的特定长链非编码RNA(lncRNAs)和微小RNA(miRNAs),这些分子或可作为DR的新型诊断生物标志物及治疗靶点。
研究不足
一个主要问题是数据和样本量相对不足。由于样本量有限,miRNA-lncRNA-mRNA网络可能受到限制。此外,研究参与者未报告糖尿病类型。本研究的另一个主要问题是计算结果可能存在噪声和假阳性结果。
1:实验设计与方法选择:
本研究旨在运用竞争性内源RNA(ceRNA)理论探究糖尿病视网膜病变(DR)中lncRNA-miRNA-mRNA的复杂互作关系。通过基因本体(GO)分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选关键分子。
2:样本选择与数据来源:
采用8周龄C57BL/6小鼠构建链脲佐菌素(STZ)诱导的糖尿病小鼠模型,提取糖尿病小鼠视网膜总RNA。使用Agilent小鼠基因表达微阵列获取mRNA和lncRNA的芯片数据。
3:实验仪器与材料清单:
Agilent小鼠基因表达微阵列(产品编号G4852A;美国加利福尼亚州圣克拉拉市安捷伦科技公司),TRIzol试剂。
4:实验流程与操作步骤:
通过差异表达分析确定关键RNA分子;采用miRanda预测lncRNA与miRNA相互作用;利用miRTarBase、miRecords及starBase 2.0数据库鉴定miRNA靶mRNA;使用Cytoscape软件构建并可视化ceRNA调控网络。
5:0数据库鉴定miRNA靶mRNA;使用Cytoscape软件构建并可视化ceRNA调控网络。
数据分析方法:
5. 数据分析方法:运用GO分析和WGCNA分析确定差异表达lncRNA的功能并识别高相关性基因簇。
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