研究目的
合成并表征可见光响应的肽骨架光开关,用于光学调控蛋白质-蛋白质相互作用,特别是靶向MLL1-WDR5相互作用以抑制酶活性。
研究成果
该研究成功开发出对可见光响应、可调控蛋白质-蛋白质相互作用的肽骨架光开关,其中oF4Azo肽表现出高亲和力与可逆光异构化特性。尽管光转换效率的提升未直接转化为更强的生物效应,但结构与计算研究为未来设计光控PPI调节剂奠定了基础,凸显了分子信息对理性设计的重要性。
研究不足
与母体化合物相比,该偶氮肽显示出较低的亲和力与稳定性,在特定条件下存在降解问题。尽管光转换性能有所改善,oF4Azo肽在生物响应中未能实现异构体间更显著的差异。并非所有复合物的结晶都获得成功,且计算模型需要通过更多衍生物进行进一步验证。
1:实验设计与方法选择:
本研究基于偶氮苯衍生物合成了两种新型光控氨基酸(Fmoc-cAzoAA和Mtt-oF4AzoAA),通过Fmoc固相肽合成或溶液相连接技术将其引入肽骨架,并采用荧光偏振实验、AlphaLISA组蛋白甲基转移酶检测、GST沉降实验、晶体学及分子动力学模拟评估其光化学性质、对WDR5的结合亲和力以及对MLL1活性的抑制作用。
2:样本选择与数据来源:
类肽分子设计为含AMPB肽段的类似物,样本制备于水溶液中用于紫外-可见光谱、高效液相色谱、核磁共振及生物活性检测,使用重组蛋白和肽段开展实验。
3:实验设备与材料清单:
设备包括布鲁克AV III HD核磁共振波谱仪、LTQ-FT Ultra质谱仪、Tecan Spark 20M微孔板读数仪、珀金埃尔默EnVision酶标仪、LED照射灯、高效液相色谱系统及ESRF晶体学设施;材料包含商业试剂、溶剂、肽段、蛋白质(如WDR5、MLL1)及合成与检测用化学品。
4:MLL1)及合成与检测用化学品。 实验流程与操作步骤:
4. 实验流程与操作步骤:构建??楹铣?、肽段引入、紫外-可见光谱与高效液相色谱监测光异构化、荧光偏振法结合检测、AlphaLISA酶活抑制测定、GST沉降实验、蛋白-配体复合物结晶、数据收集与结构解析、GOLD软件分子对接及GROMACS分子动力学模拟。
5:数据分析方法:
通过紫外-可见光谱分析异构体比例,高效液相色谱与核磁共振评估纯度与转化率,荧光偏振法测定Ki值,AlphaLISA获取IC50值,XDS与PHENIX软件处理晶体数据并精修结构,分子动力学模拟结合MM/PBSA计算结合能。
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