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oe1(光电查) - 科学论文

10 条数据
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  • 利用光子飞升微孔阵列设计细菌趋化受体,实现细菌趋化性的可量化、无标记检测

    摘要: 全细胞生物报告器(如细菌细胞)可用于环境和临床中特定分析物的检测。然而,目前通过趋化反应观察此类生物报告器的方法严重依赖显微镜分析、荧光标记和难以扩展的微流控装置。本文证明,利用硅飞升级微孔阵列(FMA)的本征光学测量可在数分钟内检测趋化性。该方法通过对作为硅衍射光栅的微孔进行相移反射干涉光谱测量(PRISM),实现无标记、实时量化光学读数中捕获的细菌细胞数量。通过在微孔上方生成非稳态化学梯度,我们首先证明基于PRISM信号响应可轻松区分对引诱剂的趋化性和对驱避剂的趋避性。引发可观测细菌反应的最低化学驱避剂浓度为50 mM,而引发反应的最低化学引诱剂浓度为10 mM。其次,我们结合计算方法运用PRISM快速筛选并鉴定出新型合成组胺趋化受体菌株。结果表明,通过计算设计方法与定量、实时、无标记检测手段的结合,能够在大肠杆菌(E. coli)中制造并表征新型合成趋化受体。

    关键词: 衍射、合成生物学、光学生物传感器、趋化性、微结构

    更新于2025-09-23 15:23:52

  • 光激活腺苷酸环化酶的表征与工程改造

    摘要: 环核苷酸单磷酸(cNMP)是原核生物和真核生物信号转导中普遍存在的第二信使。由于信号传导常依赖于瞬时形成的、具有较高第二信使浓度的微区,因此精确调控cNMP时空动态的方法对于探究其潜在生理过程具有独特优势。光遗传学技术尤为适用,因其能实现多种细胞过程的光依赖性精准时空控制。若干感光受体可作为光激活腺苷酸环化酶(PAC),从而成为调控细胞内3',5'-环磷酸腺苷水平的可光调节执行器。为表征PAC并优化其特性,我们设计了一个便于分析这些感光受体的测试平台。通过在大肠杆菌中表达荧光报告基因监测环化酶活性,并利用可编程光照快速探索多种光照方案。我们检测了分别响应蓝光和红光的两种PAC,发现两者均存在显著暗活性。随后我们对红光敏感型PAC进行工程改造以改变其光响应特性,其中命名为DdPAC的变体显示出增强的光响应能力。这些PAC变体将丰富光遗传学工具库,从而助力cNMP代谢与信号的精细分析。

    关键词: 合成生物学、光敏色素、感光受体、腺苷酸环化酶、BLUF蛋白、光遗传学

    更新于2025-09-23 15:22:29

  • [IEEE 2019年第16届中国国际固态照明论坛暨2019年国际宽带隙半导体论坛(中国)(SSLChina: IFWS) - 中国深圳(2019.11.25-2019.11.27)] 2019年第16届中国国际固态照明论坛暨2019年国际宽带隙半导体论坛(中国)(SSLChina: IFWS) - 大功率荧光粉转换发光二极管综述

    摘要: 合成生物学开放语言(SBOL)是一种用于表示合成生物学设计的新兴数据标准。该标准的目的是提高这些设计的可重复性,并促进研究人员和/或基因设计自动化工具之间的电子交换。最新版本的标准SBOL 2.0能够对多种生物组件(如DNA、RNA、蛋白质、复合物、小分子等)及其相互作用进行注释。SBOL 2.0还允许研究人员将组件组织成层次化模块,指定其预期功能,并将??橛朊枋銎涫形哪P拖喙亓?。为了支持SBOL 2.0的使用,我们开发了libSBOLj 2.0 Java库,该库为开发者提供了一个易于使用的应用程序编程接口(API),包括操作SBOL构造、与RDF/XML文件格式的序列化和反序列化,以及通过将先前的SBOL 1.1标准转换为SBOL 2.0提供迁移支持。本信函描述了libSBOLj 2.0库及其设计中涉及的关键工程决策。

    关键词: 软件工具、合成生物学、计算生物学、应用程序编程接口、软件库

    更新于2025-09-23 15:19:57

  • [2019年IEEE第十三届电力电子与驱动系统国际会议(PEDS) - 法国图卢兹(2019.7.9-2019.7.12)] 2019年IEEE第十三届电力电子与驱动系统国际会议(PEDS) - 阳极结并联二极管的新型快速开关SOI LIGBT

    摘要: 细菌质粒利用拷贝数控制系统来确保不会过度负担宿主。质粒不相容性由拷贝数控制系统的共享组分引起,导致相互抑制复制。不相容的质粒无法在宿主细胞内稳定维持。单向不相容性(即质粒复制子兼容但其中一个质粒编码另一个质粒的复制抑制剂)会导致被抑制质粒的快速取代。因此,我们提出可以利用单向不相容性从群体中根除不良质粒。为研究这一过程,我们建立了质粒动态的确定性和随机模型。对这些模型的分析提供了关于质粒取代效果的预测。

    关键词: 生物系统建模、基因工程、合成生物学

    更新于2025-09-23 15:19:57

  • [2018年IEEE第八届纳米材料:应用与特性国际会议(NAP) - 乌克兰扎托卡(2018.9.9-2018.9.14)] 2018年IEEE第八届纳米材料:应用与特性国际会议(NAP) - 离子注入硒超掺杂硅后接脉冲激光退火处理

    摘要: 合成生物学开放语言(SBOL)是一种用于表示合成生物学设计的新兴数据标准。该标准的目的是提高这些设计的可重复性,并促进研究人员和/或基因设计自动化工具之间的电子交换。最新版本的标准SBOL 2.0能够对多种生物组件(如DNA、RNA、蛋白质、复合物、小分子等)及其相互作用进行注释。SBOL 2.0还允许研究人员将组件组织成层次化???,指定其预期功能,并将??橛朊枋銎涫形哪P拖喙亓N酥С諷BOL 2.0的使用,我们开发了libSBOLj 2.0 Java库,该库为开发人员提供了一个易于使用的应用程序编程接口(API),包括对SBOL构造的操作、与RDF/XML文件格式之间的序列化,以及通过将先前的SBOL 1.1标准转换为SBOL 2.0来提供迁移支持。本信函描述了libSBOLj 2.0库及其设计中涉及的关键工程决策。

    关键词: 软件工具、合成生物学、计算生物学、应用程序编程接口、软件库

    更新于2025-09-19 17:13:59

  • 通过快速激光质谱技术对生物合成文库进行离群筛选

    摘要: 借助DNA合成与分子克隆技术的进步,合成生物学日益采用大规模构建文库来探索广阔的设计空间。对于生物合成途径工程而言,筛选这些文库以获取多种目标代谢产物的能力至关重要。若目标代谢物或代谢表型难以测量,筛选工作很快就会成为涉及耗时培养、样本制备和提取的主要瓶颈。为此,我们展示了自动化激光辅助快速蒸发电离质谱技术(LA-REIMS)——一种环境激光解吸电离质谱技术——如何无需样本制备或提取,直接对琼脂平板上的酵母菌落进行快速质谱分析。我们利用LA-REIMS以每分钟6个菌落的速度,直接评估酵母菌落中紫罗兰素和桦木酸的生产水平。随后,我们通过不到4小时筛选450多个酵母菌落,同时实时生成每个菌落的可回收甘油菌种,展示了LA-REIMS的高通量能力。这证明LA-REIMS可作为液相色谱-质谱联用(LCMS)等下游定量方法的预筛选工具。通过LA-REIMS预筛选数百个菌落,我们成功分离并验证了一个桦木酸产量提高2.5倍的菌株。最后,我们证明LA-REIMS能检测27种不同生物分子中的20种,展示了该技术在代谢物检测中的广泛应用性。LA-REIMS的快速自动化特性使其成为补充当前学术和工业流程中现有筛选技术的宝贵新技术。

    关键词: 合成生物学、代谢工程、快速蒸发电离质谱、环境质谱、高通量筛选

    更新于2025-09-19 17:13:59

  • [2019年IEEE CPMT日本研讨会(ICSJ) - 日本京都 (2019.11.18-2019.11.20)] 2019 IEEE CPMT日本研讨会(ICSJ) - 侧壁粗糙度对聚合物光波导在光互连应用中的影响

    摘要: 合成生物学开放语言(SBOL)是一种用于表示合成生物学设计的新兴数据标准。该标准的目的是提高这些设计的可重复性,并促进研究人员和/或基因设计自动化工具之间的电子交换。最新版本的标准SBOL 2.0能够对多种生物组件(如DNA、RNA、蛋白质、复合物、小分子等)及其相互作用进行注释。SBOL 2.0还允许研究人员将组件组织成层次化???,指定其预期功能,并将??橛胧枋銎湫形哪P拖喙亓NС諷BOL 2.0的使用,我们开发了libSBOLj 2.0 Java库,该库为开发者提供了一个易于使用的应用程序编程接口(API),包括对SBOL构造的操作、与RDF/XML文件格式的序列化和反序列化,以及通过将先前SBOL 1.1标准转换为SBOL 2.0提供迁移支持。本信函描述了libSBOLj 2.0库及其设计中涉及的关键工程决策。

    关键词: 软件工具、合成生物学、计算生物学、应用程序编程接口、软件库

    更新于2025-09-19 17:13:59

  • [2019年IEEE第46届光伏专家会议(PVSC) - 美国伊利诺伊州芝加哥(2019.6.16-2019.6.21)] 2019年IEEE第46届光伏专家会议(PVSC) - 采用PDMS微聚光器提高柔性金属衬底上薄膜GaAs太阳能电池的功率输出

    摘要: 细菌质粒利用拷贝数控制系统来确保不会过度负担宿主。质粒不相容性由拷贝数控制系统的共享组分引起,导致相互抑制复制。不相容的质粒无法在宿主细胞内稳定维持。单向不相容性(即质粒复制子兼容但其中一个质粒编码另一个质粒的复制抑制剂)会导致被抑制质粒的快速取代。因此,我们提出单向不相容性可用于从群体中根除不良质粒。为研究这一过程,我们建立了质粒动态的确定性和随机模型。对这些模型的分析提供了关于质粒取代效能的预测。

    关键词: 生物系统建模、基因工程、合成生物学

    更新于2025-09-19 17:13:59

  • [2019年IEEE第46届光伏专家会议(PVSC) - 美国伊利诺伊州芝加哥市 (2019.6.16-2019.6.21)] 2019年IEEE第46届光伏专家会议(PVSC) - 先进加速应力测试与聚酰胺基光伏背板现场失效的关联性研究

    摘要: 已知有患者在手术过程中因麻醉仍处于瘫痪状态而无法表达痛苦时恢复意识。近期电子工程师通过改进麻醉深度的实时监测解决了这一问题。脑电活动测量被广泛应用于临床与研究领域,这是因为大脑依靠电化学现象处理数据。许多研究者由此推断计算机科学的进步终将催生具有感知能力的电脑。尽管意识与智力并无必然关联,仍有人将人工意识与人工智能混为一谈。未接受神经科学(或至少医学)训练者自然难以理解"意识"这个内涵丰富的专业术语的真正含义。人类意识只能通过替代指标评估,它是一个从微弱意识到清醒意识(即读者当前体验的状态)的广阔复杂谱系。维持清醒意识需要大脑处于精确的电、化学及温度状态,并具备充足血压,而这些条件又要求大脑所依附的身体必须处于适宜环境中。因此清醒意识只是意识谱系中的一个真子集,不能被视为可脱离躯体或从谱系中割裂的独立现象。发展心理学的心智理论(TOM)推论:类似人类的大脑是意识谱系的充分条件。但该理论不适用于计算机,因为儿童不会将计算机识别为与自身同类的生命体。虽然心智理论可应用于理想仿生人,但系统科学中的一个经典数学定理使这种仿生人的存在显得不可行。

    关键词: 合成生物学、脑电图、人工智能、麻醉学、心智理论

    更新于2025-09-16 10:30:52

  • 一种对偶氮苯衍生物具有光响应性的RNA适配体

    摘要: 调控复杂生物网络已被证明是合成生物学中的关键瓶颈。以核糖开关形式存在的结构灵活RNA与其他多种分子的相互作用,展现出高度的调控特异性与效率,人工核糖开关已成为众多合成生物学应用中的工具元件。本研究报道了一种新型小分子结合RNA适配体的开发——其结合能力依赖于配体小分子在光诱导下的构象变化。我们选择具有可靠光开关特性的偶氮苯作为配体,并通过氯霉素修饰以增强其与RNA的相互作用。在完成配体"azoCm"的合成后,我们对其稳定性和光开关特性进行了全面生物物理分析。通过多轮体外筛选获得RNA适配体后,进一步研究了其对配体的结合特异性与亲和力。成功开发出仅选择性结合azoCm反式光异构体(KD=545 nM)的RNA适配体。由于该适配体无法结合经光照处理(λ=365 nm)的配体,从而构建了光选择性RNA结合系统。后续研究有望实现可靠的光响应型核糖开关工程化。

    关键词: 合成生物学、光开关特性、核糖开关、偶氮苯、RNA适配体

    更新于2025-09-09 09:28:46